Tak zněl kodaňský výklad kvantové mechaniky, jehož hlavním advokátem se stal Bohr spolu s Erwinem Schrödingerem. S pravděpodobnostním charakterem mikrosvěta se naopak nikdy nesmířil třeba Einstein, který po dlouhých debatách s Bohrem prohlásil, že „Bůh nehraje v kostky“.
Jaderní fyzici ve službách války
V 30. letech 20. století se Dán vrhnul na výzkum jaderné fyziky a obohatil ho o kapkový model atomového jádra. Před začátkem druhé světové války se povedlo Evropanům provést první experimenty se štěpnou reakcí uranu 235. Díky informacím o evropských pokusech od Bohra to zakrátko zvládli i Američané. Spolu s Brity pak rozjeli vlastní výzkum na výrobu atomové zbraně, zatímco se schylovalo ke světové válce.
Na jaře 1940 vtrhli nacisté do Dánska a zahájili okupaci. Bohr měl díky matce židovské kořeny, přesto odmítal zemi opustit. Díky jeho pomoci uniklo spárům nacistů několik perzekuovaných vědců, které skrze univerzitu vyslal do zámoří. V září 1941 se s Bohrem setkal jeho starý přítel a bývalý žák, Werner Heisenberg, který tehdy vedl německý jaderný program.
Přestože verze toho, co se mezi nimi odehrálo, se liší, Bohr nabyl dojem, že Němci stojí pár kroků od sestavení první jaderné bomby. Své obavy Bohr zřejmě sdělil také Američanům.
Před nacisty uniká na rybářské bárce do Švédska
Za dva roky se do zatykače Gestapa dostal také Bohr a jeho bratr. Dánský odboj ale Bohrovu rodinu varoval a umožnil jim na rybářském člunu zmizet přes průliv Oresund do neutrálního Švédska, které přijalo desítky tisíc uprchlíků z Dánska.